一、基本區別

1.主體資格不同：子公司具有獨立的主體資格，享有獨立的法人地位。而分公司則不具有獨立的民事和商事主體資格，僅僅是本公司的分支機構，不具有法人資格。

2.納稅人身份不同：子公司是獨立納稅人，分公司可能是獨立納稅人（如增值稅），有可能不是獨立納稅人（如企業所得稅）

3.是否獨立核算：子公司肯定是獨立核算，分公司不一定是獨立核算

二、如何涉稅安排，關鍵看需要安排什么稅種

1.增值稅安排：子公司和分公司都可以實現

【例】想安排企業為一般納稅人+小規模納稅人（享受一些稅收優惠政策）的架構，子公司和分公司都可以，因為分公司可以單獨成為增值稅納稅人，比如總公司是小規模納稅人，分公司可以是一般納稅人；反過來也可以。

【提醒】對于符合特定條件的納稅人，經審批后，增值稅可以由總機構匯總繳納，分支機構按審批后的比例預繳。

2.企業所得稅安排：就要分具體情況了

【例】比如高新技術企業優惠、小型微利企業政策，就是按照總分公司口徑享受；母子公司可以分別享受

再如海南自貿區、西部大開發優惠政策，分公司和總公司可以分別享受，母子公司也分別享受

3.個人所得稅安排

分公司做了稅務登記，可以單獨扣繳個人所得稅；子公司肯定單獨扣繳個人所得稅

【例】《關于建筑安裝業跨省異地工程作業人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第52號）：跨省異地施工單位應就其所支付的工程作業人員工資、薪金所得，向工程作業所在地稅務機關辦理全員全額扣繳明細申報。凡實行全員全額扣繳明細申報的，工程作業所在地稅務機關不得核定征收個人所得稅。

《個人所得稅法》第八條規定：“個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人”。因此，分支機構的個人所得稅的繳納地點會不相同。

實務中，建筑企業為避免被在異地工程作業所在地稅務機關核定征收個人所得稅，可以安排分公司辦理全員全額扣繳明細申報，當然也可以總分公司分別辦理全員全額扣繳明細申報（您懂得）。

4.房產稅安排

房產稅的納稅義務人是產權所有人，征收機關是由房屋所在地稅務機關，分公司使用總公司的房產，應由分公司在房產所在地申報繳納房產稅。